与一般（普通）的低聚糖相比，功能性低聚糖具有独特的生理功能：

1.调节菌群结构、增殖有益菌群

人体胃肠内由于缺乏水解功能性低聚糖的酶系统，因此不能直接利用功能性低聚糖，但其可以被内的有益菌群充分利用，功能性低聚糖是双歧杆菌、乳酸菌、肠球菌等有益菌群、的养料，它能排除消化系干扰，选择性地进入到双歧杆菌、乳酸杆菌等生长的大肠，促使双歧杆菌等快速生长和大量繁殖。

2.降低发生几率

功能性低聚糖属难消化糖，很难被口腔中导致蛀齿的突变链球菌发育所利用，所以不会产生形成齿垢的不溶性葡萄聚糖，不会引起。当其与蔗糖合用时，会强烈抑制蔗糖被链球菌合成为不溶性葡萄聚糖，抑制葡萄糖在牙齿上附着，阻碍形成齿垢，防止牙齿表面珐琅脱灰，因此起到抗作用。

3.增加排便防

由于双歧杆菌发酵低聚糖产生大量的短链脂肪酸能刺激，增加粪便的湿润度，并通过菌体的大量生长以保持一定的渗透压，从而的发生。此外，低聚糖属于水溶性膳食纤维，可促进小，也能预防和减轻便秘。

4.生成营养物质、增加营养吸收

功能性低聚糖可以促进双歧杆菌增殖，而双歧杆菌可在内合成维生素B1 、B2 、B6 、B12 、烟酸、叶酸等营养物质。此外，由于双歧杆菌能抑制某些维生素的分解菌，从而使维生素的供应得到保障，如它可以抑制分解维生素B1的解硫胺素的芽孢杆菌，随着双歧杆菌的增殖，内合成的维生素含量会随之提高，可以间接提高人体内水溶维生素的摄入量和营养物质的吸收。

5.和胆固醇代谢

由于功能性低聚糖是难消化性糖，不能被消化酶消化吸收，一般较少转化成脂肪。它被双歧杆菌分解产生的丙酸又能抑制肝脏胆固醇的生成，分解产生的乙酸盐能抑制肝脏中葡萄糖转化成脂肪。摄入功能性低聚糖后可以胆固醇的水平，双歧杆菌产生的胆酸水解酶将结合胆酸游离出来，胆汁酸可以同胆固醇结合沉淀随大便排出体外，从而有效地。

6.，抵抗

功能性低聚糖增殖的双歧杆菌细胞壁和分泌物可产生大量的免疫物，促使免疫蛋白A(IgA)浆细胞的产生，从而杀灭侵入体内的细菌和，消除体内“”细胞，防止的发生及。