在食品中的应用

一些功能性低聚糖的糖浆黏度与葡萄糖浆相似，水活度与蔗糖相似，还原力中等，用于食品可降低冰点，提高沸点，改善保湿性，在许多食品生产和家庭烹调中可用来代替蔗糖。

在饲料中的应用

功能性低聚糖因其低残留、无抗药性、以及具有良好的降低的特性，成为某些抗生素的替代品，通常用于用于饲料添加剂以提高畜禽生产性能，提高畜禽免疫性能，改善畜禽微生态环境，除粪臭等作用。

在其它领域的用途

功能性低聚糖还被用作农药应用于水果、蔬菜中，具有安全、无毒的特点。低聚糖生物农药作为一类新型的植物激素及物抗性激活因子在农作物和病虫害中具有阔的开发前景。低聚糖生化肥料对土壤微生物也有菌群节作用，能提高化肥的利用率。