主链水解

单糖

甲壳素和壳聚糖主链水解制备单糖的主要途径是化学法。对甲壳素和壳聚糖进行水解得到的最终产物是D-氨基葡萄糖单糖，D氨基葡萄糖单糖具有刺激蛋白多糖合成、辅助等功能。N-乙酰氨基葡萄糖具有、促进双歧杆菌生长、改善微生态环境、和预防等功能。甲壳素用热的浓盐酸水解可得到D-氨基葡萄糖盐酸盐，用乙酸水解可得到N-乙酰基-D-氨基葡萄糖。

低聚寡糖

甲壳素和壳聚糖的部分水解产物是低聚寡糖。化学法中通常用酸和过氧化物进行降解。如用盐酸控制条件可得到5至7糖。在适宜条件下用亚硝酸钠进行降解可得到3糖。相对分子质量分布较窄的低聚物可以采用首先将壳聚糖与铜进行配位反应，然后用过氧化氢降解的方法制备。

酶水解法是以甲壳素和壳聚糖为原材料制备低聚寡糖的一种主要方法，因为酶水解法具有专一性的特点，可以用来制备确定聚合度的低聚寡糖，尤其是高效制备二聚体以上的寡糖，如采用壳糖酶降解壳聚糖，可得到不含单糖的壳二糖到壳五糖的系列产物，这些产物再进行乙酰化可得N乙酰化甲壳寡糖。

低聚寡糖有的生理活性，在医药、食品、农业和化妆品领域已显示出潜在实用价值。用纤维素酶来降解壳聚糖，得到的是六糖至十糖。用排阻色谱可将壳聚糖低聚混合物中聚合度为15的低聚糖分离出来。对低聚寡糖也可进行衍生化，如将壳三糖与三甲基缩水甘油氯化铵反应，所得目标化合物有非常强的活性。