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乳糖不耐受一般分为三种：先天性乳糖酶缺乏、继发性乳糖酶缺乏、成人型乳糖酶缺乏。

1.先天性乳糖酶缺乏

是由于乳糖酶先天性缺乏或活性不足引起，发生率与种族和遗传有关，属于常染色体隐性遗传。我国新生儿的乳糖不耐受多属于此类，由于酶缺乏的量和活性程度各人不同，的轻重不一。

2.继发性乳糖酶缺乏

多发生在后，肠绒毛顶端在时受损伤而出现酶的缺乏，而于后出现乳糖不耐受性，需待绒毛下端向上生长至顶端，能分泌足量乳糖酶后方止，一般需0.5～2个月。不少新生儿和儿在新生儿期由于肠黏膜发育不够成熟以及乳糖酶活性暂时低下，对乳糖暂时不耐受，排便次数多，待活性正常后次数减少。

3.成人型乳糖酶缺乏

最常见，与人类世代饮食习惯导致基因改变相关。表现为随年龄增长乳糖酶活性逐渐下降直至消失，引起乳糖不耐受或乳糖吸收不良。年龄和率存在种族与地区差异，亚洲人年龄为7～8岁，欧美部分民族约20岁，黄种人和黑种人率均高于白种人。