莲属植物是被子植物中起源较早的种属之一，和水杉、银杏、中国鹅掌楸、北美红杉等属于未被冰川吞噬而幸存的孑遗植物。古植物学家研究证明，在一亿二千五百万年以前，北半球的许多水域就有莲属植物的分布。当时，全球气候温暖，环境舒适，莲在五大洲均有分布。后冰期来临，导致全球气温下降，莲属植物被迫漂迁，大部分种群在此时灭绝。经此劫难，莲属植物在世界上仅存2种。分布在亚洲和大洋洲的为中国莲，漂迁至北美洲的为美洲黄莲。

莲在中国有着悠久的栽培历史，在1973年发掘的“河姆渡文化”遗址中，发现有莲等的花粉化石，距今己有7000年的历史，说明人类在新石器时期就己经开始种植莲等水生植物。

在新石器时代的后期，先人就以采集莲子为食，同时作为审美对象。年前以藕做菜，使莲逐渐从人工防护到引种野生莲栽植、驯化，食用与观赏并举。花莲在中国至少有2700年的栽培历史。每当国泰民安，社会安定，经济繁荣时，莲的研究也相应得到发展；反之社会动乱阴霾，经济萧条萎靡之际，莲花研究便衰落不前。花莲的栽培史大致可分为初盛时期，渐盛时期、兴盛时期、衰落时期和发展时期五个阶段。