根

芹菜的根系为浅根系，一般分布在7～36厘米的土层内，但多数根群分布在7～10厘米的表土层。由于根系分布浅，芹菜不耐旱。直播的芹菜主根系较发达，经移植的由于主根被切断而促进侧根发达，因而芹菜适宜育苗移栽或无土栽培。

茎

茎在营养生长期为短缩状，生殖生长期伸长成花薹，并可产生一二级侧枝。茎的横切面呈近圆形、半圆形或扇形。

叶

叶着生在短缩茎的基部，边缘锯齿状。叶柄较发达，为主要食用部分。叶柄横截面直径1～4厘米不等。叶柄中各个维管束的外层为厚壁组织，并突起形成纵棱，故使叶柄能直立生长。厚壁组织的发达程度与品种和栽培条件有密切关系，在高温、干旱和氮肥不足的情况下，厚壁组织和维管束发达。若厚壁组织过于发达，则纤维多、品质差。

花

芹菜为二年生蔬菜，第二年开花。花为复伞形花序，花小、白色，花冠5个，离瓣。芹菜花属虫媒花，通常为异花授粉，但自交也能结实。

果实

果实为双悬果，圆球形，果实中含挥发性芳香油脂，有香味。成熟时沿中线裂为两半，但并不完全开裂。种子呈褐色，内含一粒种子，种子粒小，椭圆形，表面有纵纹，透水性能差。种子有休眠期，发芽慢，收获时不易发芽，高温下发芽更慢，在有光的条件下比黑暗条件容易发芽。种子千粒重0.4克左右。生产上播种用的种子实际上是植物学上的果实。