不同氨基酸存在不同的转运机制以维持不同的浓度梯度。bi需氨基酸在细胞内外的梯度比非bi需氨基酸低。氨基酸进出细胞的转运由膜结合蛋白来完成。氨基酸通过膜上载体的转运机制，不仅存在于肠粘膜细胞上，类似的作用也存在于肾小管细胞、肌肉细胞、脂肪细胞、、、成纤维细胞上，对于细胞内聚集氨基酸具有普遍意义。但是，在不同细胞中，载体的性质可能有所差异。

存在于人体各组织、器官和体液中游离氨基酸统称为氨基酸池，在细胞内、外游离氨基酸池中，不同氨基酸浓度差异很大。碱性氨基酸( 精氨酸和谷氨酰胺）浓度在血浆中很低，但在细胞内( 骨骼肌细胞）却是的。