黄曲霉毒素是影响花生蛋白品质的主要毒性之一。通过检测分析表明：曲霉菌种(如黄曲霉)在花生里产生的黄fHl霉毒素比其他任何油料种子中都多，这种毒素能引起动物的变而致，美国规定花生产品中允许的黄怕霉毒素限量是20g/kg．日本的标准是限量10g/kg，欧盟的标准是限量4g/kg。研究表明用气态氨处理，在减少黄曲霉含量方面有效率可达到99%。

影响花生蛋白品质的另一抗营养因索是胰蛋白酶抑制剂、血球凝集素和甲状腺素等抗营养因子，在生花生中胰蛋白酶抑制素只相当于大豆中的20%，但是长期大量食用生花生仍足以引起动物的胰腺肿大，高压处理或热处理均能大大减少胰蛋白酶抑制剂的活性。