玛卡是独行菜属中生有肥厚的下胚轴的物种。下胚轴与根融合，形成了一个粗糙倒梨形的块根。玛卡根部的形状和体积差距很大，有三角形、椭圆形或矩形。玛卡的下胚轴可能呈金色或者淡黄色、红色、紫色、蓝色、黑色或者绿色。每一株都被认为是独特的基因品种。特别的性状（主要指根的颜色）会根据其不同营养和特性而被特别的人工选 培育。在秘鲁，淡黄色的根最常见，形状、味道也。

颜色较深的玛卡根，如红色、紫色、黑色，含有较多的碘，黑色玛卡被认为是强壮与精力的代表，口感上兼顾了甜与微苦。红色玛卡比较受欢迎，证据上显示红色可以老鼠的。