胶原蛋白肽制备技术包括化学法、酶法、热降解法以及这些方法的组合应用，不同技术制备的胶原蛋白肽的分子量范围差异巨大，化学法和热降解法多用于制备明胶，酶法则多用于制备胶原蛋白肽；胶原蛋白肽的制备方法包括：

代制备技术：化学水解法

以动物皮、骨等为原料，胶原在酸或碱性条件下水解成氨基酸和小肽，反应条件剧烈，生产过程中氨基酸受损严重，L-氨基酸易转化成D-氨基酸，形成氯丙醇等有毒物质，且难以按规定的水解程度控制水解过程，该技术在胶原蛋白肽领域已经很少使用。

第二代制备技术：生物酶解法

以动物皮、骨等为原料，胶原蛋白在生物酶的催化下水解成小肽，反应条件温和，生产过程中无有害副产物生成，但水解后的多肽分子量分布范围广，分子量不均。2010年前该方法在胶原蛋白肽制备领域应用较为普遍。