1、在整个泌乳过程中牛乳的蛋白组分十分复杂，且其含量随时问不断地改变，单一的蛋白酶难以有效地将绝大部分蛋白分解。采用多种不同切割位点的酶先后实施分解可较完全的将大分子乳蛋白改造低分子多肽，从而有利于机体的吸收和利用。

2、牛乳蛋白链中存在着大量的生物活性肽，这些链片段可通过胰蛋白酶酶解方式获得，但是牛乳蛋白分子量高则达百万，有的呈聚合状，非加以足量的酶始不能完全酶解。而胰蛋白酶的大量投入会产生过量不适的苦味肽。先以较温和的曲霉蛋白酶将大部分蛋白解离，再以胰蛋白酶对蛋白肽链进行功能性切割，将起到事半功倍的效果。

3、牛乳的稳定性较弱，加热、遇酸易沉淀凝固，产品质量较难控制。将牛乳中的蛋白改变为小分子多肽后，不仅牛乳生物活性得到保持，乳的稳定性也得到改善，最终能延长产品保质期。