苯甲酸钠的安全性近年来受到争议，比如毒理学依据中大白鼠经口LD50指标，苯甲酸钠为2700mg/kg，而山梨酸钾为4920mg/kg（FAO/WHO，1994）。

目前苯甲酸钠是我国GB2760中允许使用的食品防腐剂，这说明卫健委认可现阶段苯甲酸钠在食品中的安全性。

美国FDA规定食品中的苯甲酸钠含量不得超过0.1%（以重量计）。国际化学品安全署的研究发现，每天摄入647-835mg/kg体重的苯甲酸钠不会对健康产生负面影响。有调查显示，人体过量食用苯甲酸及其盐类，会出现肝脏的代谢功能障碍，人体血压升高，心脏、肾功能异常等不良现象，甚至会引发肌肉酸、昏厥和等，故其应用范围日益缩小，有些国家如日本已经停止生产苯甲酸钠，并对它的使用做出限制。