纳他霉素被用于，包括假丝酵母、曲霉菌、镰刀霉等，也被用作眼药水或者口腔药剂中，在这些应用中，人体对纳他霉素的吸收较少。口服时，基本没有从胃被吸收，因此使它不适用为系统传染的药物。纳他霉素在眼药水中也有应用，其5%的纳他霉素含量适用于微生物引起的真菌性睑炎、和，包括腐皮镰刀菌。

在年糕和馒头中的使用，可防止霉变，有效地延长货架期。在食醋等调味品中，使用的纳他霉素，可防止霉菌和酵母菌引起的变质。在啤酒、葡萄酒中，2.5mg/kg的纳他霉素可使保质期大大延长。此外,在酸奶中添加5～10ppm的纳他霉素，可以使产品的货架期延长4周以上。