杀菌防腐剂主要是通过杀死细菌或使其失去生长繁殖能力来保证物料在使用过程中不产生腐败变质。杀菌防腐剂可使微生物中的蛋白质变性，降低细胞的活性，促使细菌死亡，也可使微生物的细胞遗传基因发生变异或干扰细胞内部酶的活性使其难以繁殖。

据报道，能够侵蚀涂料的微生物主要是细菌、霉菌、酵母菌和藻类。导致涂料腐败的主要微生物是革兰氏阴性细菌，尤其是大肠产氧菌属和假单胞菌属，而不是通常人们所认为的霉菌，涂料涂装后涂膜上滋生的主要微生物是霉菌和藻类。因此，防止涂料的腐败变质，最重要的是控制革兰氏阴性细菌，尤其是大肠产氧菌属和假单胞菌属，即加入的杀菌防腐剂应对革兰氏阴性细菌有的效果。如果要求涂装后的涂膜也不长霉，则可加入防腐剂的同时再添加干膜防霉剂，两者配合使用，就能自始至终达到效果。如果是船底漆则还需加入杀藻剂，以防止藻类的生长。