果胶酶由黑曲霉经发酵精制而得。外观呈浅黄色粉末状，被称为四大酶制剂之一。其实果胶酶并不特指某一种酶，而是分解果胶的一类酶的总称，包括半乳糖醛酸酶、果胶分解酶和果胶脂酶等。

一般为灰白色粉末，或棕黄色液体。商业用果胶酶的有效成分主要有三种酶。一种是果胶甲酯酶(Pectinpectylhydrolase)(EC3.1.1.11)，主要作用为催化甲酯果胶以脱去甲酯基，产生聚半乳糖醛酸苷键和甲醇。另一种是聚半乳糖醛酸酶(Polygalacturonase；EC3.2.1.15)其作用是使果胶中以α-1，4-键结合的半乳糖醛基水解成为还原糖。第三种是果胶裂解酶(Pectinlyase；EC4.2.2.10)，可使果胶断裂而得寡糖。此外，起次要作用的尚有β-葡聚糖酶(β-Glucanase；EC3.2.1.6)、β-糖苷酶(β-Glucosidase；EC3.2.1.21)和木聚糖酶(Xylanase；EC3.2.1.32)。作用温度40～50℃，最适pH值为3.5～4.0。铁、铜、锌离子有明显。溶于水。天然品在高等植物(如柑橘类、苹果、番茄等)和微生物中广泛存在。