医学领域

可作为一种具有杀菌作用的天然抗物质。有、、止血、及加快组织恢复功能等作用。溶菌酶含片用于急、等。

食品领域

它对革兰氏阳性菌、喜氧性孢子形成菌、枯草杆菌、地衣型芽孢杆菌等都有，而对没有细胞壁的人体细胞不会产生不利影响。因此，适合于各种食品的防腐。另外，该酶还能杀死腐败球菌，增加抗力，同时还能促进婴儿双歧乳酸杆菌增殖，促进乳酪蛋白凝乳利于消化，所以又是婴儿食品、饮料的良好添加剂。

生物工程领域

溶菌酶专性水解细菌细胞壁的特点，有助于了解细菌细胞壁的构造：将细胞壁分解后制备成的原生质体，可用于微生物分类以及微生物育种等学术研究。近年来，溶菌酶已成为细胞工程和基因工程必不可少的工具酶，用来提取和制造酶、核酸和活性多肽等。