溶菌酶纯品呈白色、微黄或黄色的结晶体或无定形粉末，无异味，微甜，易溶于水，不溶于丙酮、乙醚。溶菌酶遇碱易被破坏，但在酸性环境下，溶菌酶对热的稳定性很强，在pH值为4-7时，100℃处理1min，仍能较好地保持活力:pH值为3时，能耐100℃加热处理45min。

溶菌酶化学性质非常稳定，当pH值在一定范围内剧烈变化时，其结构几乎不变。溶菌酶不可逆变性的临界点是77℃，随溶剂的变化，不可逆变性临界点也发生变化，当溶菌酶所处溶液pH值小于1时，不可逆变性临界点降低到43℃。

溶菌酶最适pH为5.3~6.4，可用于低酸性食品防腐；溶菌酶作为防腐剂安全性高，可被冷冻或干燥处理，且活力稳定。

溶菌酶对几种变性剂的敏感程度为:二恶烷>二甲基乙酰胺>二甲基甲酰胺>丙酮，并且随溶剂用量的增加而直线下降。