蛋白酶是水解蛋白质肽键一类酶的总称，故又称肽酶。它是酶学研究中较早也是最深入的一种酶。到21世纪初，已经报导的微生物蛋白酶超过900种，生物体的生理活动和的发生，如食物的消化吸收、、溶血作用、、血压调节、细胞分化自溶、机体衰老、转移以及生理活性肽的活化等，都与蛋白酶有关。蛋白酶广泛存在于动物内脏、植物茎叶、果实和微生物中。微生物蛋白酶，主要由霉菌、细菌，其次由酵母、放线菌生产。蛋白酶的种类繁多，按其来源可分为动物蛋白酶，由动物胰脏提取，如胃蛋白酶、胰蛋白酶、α-糜蛋白酶等;植物蛋白酶，从植物果实、汁液、根、茎和种子提取，如木瓜蛋白酶、菠萝蛋白酶、无花果蛋白酶等;微生物蛋白酶，几乎所有的微生物类群都能产生蛋白酶，甚至同一类微生物可以产生不同类型的蛋白酶。微生物蛋白酶又可分为细菌蛋白酶、真菌蛋白酶、放线菌蛋白酶。按其对蛋白质作用部位的不同，又可分为内肽酶和外肽酶。按其作用最适pH值可分为酸性蛋白酶、中性蛋白酶、碱性蛋白酶。按其起作用的活性中心和基因不同，可分为巯基蛋白酶、金属蛋白酶、丝氨酸蛋白酶，以及只能水解某一种或某两种氨基酸之间肽键的蛋白酶。重要的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、组织蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草杆菌蛋白酶等。