酸性蛋白酶是指蛋白酶具有较低的最适pH，而不是指酸性基团存在于酶的活性部位，酸性蛋白酶的最适PH从2左右(胃蛋白酶)到4左右。从酶的活力-PH曲线分析，在酶的活性部位中含有一个或更多的羧基。这一类蛋白酶中研究最的是胃蛋白酶。

酸性蛋白酶是由隆科特黑曲霉优良菌种经发酵精制提炼而成，它能在低PH条件下，有效水解蛋白质，广泛应用于酒精、白酒、啤酒、酿造、食品加工、饲料添加、皮革加工等行业。

蛋白酶的种类繁多，按其来源可分为动物蛋白酶，由动物胰脏提取，如胃蛋白酶、胰蛋白酶、α-糜蛋白酶等;植物蛋白酶，从植物果实、汁液、根、茎和种子提取，如木瓜蛋白酶、菠萝蛋白酶、无花果蛋白酶等;微生物蛋白酶，几乎所有的微生物类群都能产生蛋白酶，甚至同一类微生物可以产生不同类型的蛋白酶。微生物蛋白酶又可分为细菌蛋白酶、真菌蛋白酶、放线菌蛋白酶。按其对蛋白质作用部位的不同，又可分为内肽酶和外肽酶。按其作用最适pH值可分为酸性蛋白酶、中性蛋白酶、碱性蛋白酶。按其起作用的活性中心和基因不同，可分为巯基蛋白酶、金属蛋白酶、丝氨酸蛋白酶，以及只能水解某一种或某两种氨基酸之间肽键的蛋白酶。重要的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、组织蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草杆菌蛋白酶等。