由小麦、玉米等淀粉经安全、适当的食用级嗜高渗酵母如丛梗孢酵母(Moniliella pllinis)、脂假丝酵母(Candida lipolytica)或类丝孢酵母(Tricho sporonoides megachilensis)在高浓度下(>450g/L)进行酶解发酵后，发酵醪液经加热杀菌并过滤然后经离子交换树脂、活性炭和超滤纯化，结晶、洗涤并干燥而得。一般得率约50%。

赤藓糖醇的生产可分为微生物发酵法和化学合成法2种。

微生物发酵法

发酵法生产赤藓糖醇始于20世纪90年代，国际上均采用微生物发酵法大批量生产赤藓糖醇。生产赤藓糖醇的碳源有烷烃、单糖和双糖等，葡萄糖、果糖、甘露糖和蔗糖都是生产赤藓糖醇的良好碳源，其中D-甘露糖的转化率，达31.5%。但是由于成本因素，主要以小麦或玉米等淀粉质原料，经酶降解生成葡萄糖，由耐高渗透酵母或其它菌株发酵生产，能生产赤藓糖醇的有假丝酵母属、球拟酵母属、毛孢子菌属、三角酵母属、毕赤酵母属等。赤藓糖醇发酵法工业化生产流程如下：淀粉—液化—糖化—葡萄糖一生产菌株发酵一过滤一色层分离一净化一浓缩一结晶一分离一干燥，最后得到赤藓糖醇，平均收率约50%。研究表明，赤藓糖醇发酵法受多种因素影响，如渗透压的改变明显影响多元醇的生成，无机盐Mn2+、Cu2+能提高赤藓糖醇的产率，氧气、温度都对其产量有影响，与化学合成法相比，发酵法更具有生产优势。

化学合成法

化学合成法可由丁烯二醇与过氧化氢反应，然后将其水溶液与活性混合并加入阻化剂，在0.5MPa左右通氢气，氢化后得赤藓糖醇产品，但化学法的生产效率低，尚未实现工业化生产。