甜度

功能性低聚糖常被用作功能性甜味剂，甜度为蔗糖的0.3~0.6倍。就味质而言，低聚异麦芽糖味质纯正；大豆低聚糖与蔗糖甜味相似，但回味差；低聚果糖口感较蔗糖清爽，不带任何后味；低聚木糖也很清爽，略有特殊气味。

黏度

有研究表明，当浓度相同时，低聚果糖的黏度较蔗糖高；低聚异麦芽糖的黏度与蔗糖溶液接近；大豆低聚糖的黏度较麦芽糖低，比异构糖高；低聚木糖的黏度低予以上3种功能性低聚糖，且其黏度随着温度升高而迅速下降。

耐热耐酸性

功能性低聚糖一般具有良好的耐热耐酸性。其中低聚木糖的稳定性，当pH为2.5~8.0时相当稳定，于100℃下加热1 h几乎不分解。低聚异麦芽糖和大豆低聚糖在pH>3的环境中均有较好的稳定性，即使经过140℃高温处理也不易分解。当pH为5~7时，低聚果糖相当稳定，将其加热到150℃时也不会分解，但在pH<4的酸性环境中其热稳定性会大幅度下降。

保湿吸水性

功能性低聚糖普遍具有良好的保持水分的能力。例如当低聚异麦芽糖与其他糖类混合使用时，可以锁住水分、防止结晶。这种优良的吸水保水能力也使功能性低聚糖具有膳食纤维的作用，可增加大便持水性和容量，使其易于排出。