预功能。低聚异麦芽糖不被链球菌利用，不被口腔酶液分解，因而能防止。具有异麦芽糖残基低聚异麦芽糖与蔗糖结合使用时会强烈抑制不溶性葡聚糖合成，从而阻止齿垢形成，使蛀芽菌不能在牙齿上附着生长繁殖。因此，低聚异麦芽糖在以蔗糖为原料食品中，具有作用。

低聚异麦芽糖属于非消化低聚糖类，具有水溶性膳食纤维功能。由于低聚糖不被人体消化液消化，故又称之为低分子质量、非粘性、水溶性膳食纤维。但功能性低聚糖不具有膳食纤维增稠、水和、饱腹作用，其保健作用源于其特有发酵特点(双歧杆菌增殖因子，BGF)。低聚异麦芽糖比膳食纤维优越一点是其摄入量较低，在推荐剂量内不会引起，有一定甜味，完全水溶性，不破坏食品质地和风味，不增加粘度，不影响对矿物质和维生素吸收(对它们无包埋作用)，易添加于加工食品和饮料中。

改善与便泌，抑制病原菌和腐败菌。服用低聚异麦芽糖能降低病原菌量，故对有效果。由于低聚异麦芽糖能导致双歧杆菌增殖，双歧杆菌通过糖代谢相应增加丙酸、丁酸等酸分泌量，这些有机酸促进，使运动亢进，同时通过渗透压增加粪便水分，从而使排便性状得到改善。长期食用低聚异麦芽糖，能防止和便秘；但对严重便秘，低聚糖效果不明显。